فلوکونازول در درمان عفونت های قارچی دهان و حلق، مری، واژن و عفونت های سیستمیک ناشی از کاندیدا البیکنس و در درمان عفونت های قارچی پوست مصرف می شود. این دارو ممکن است به عنوان جایگزین آمفوتریسین در درمان عفونت های کریپتوکوکی نیز مصرف شود. فلوکونازول همچنین برای پیشگیری از عود مننژیت کریپتوکوکی در بیماران مبتلابه ایدز و پیشگیری از بروز عفونت های قارچی در بیماران تحت درمان با پرتو درمانی یا داروهای سیتوکسیک مصرف می شود .