کتوکونازول در درمان بلاستومیکوزیس ریوی و منتشر، کاندیدیاز مقاوم مری، حلق ودهان، عفونت های کاندیدیایی دستگاه ادراری ، پنومونی، کاندیدیاز شدید مزمن مخاط پوستی و کاندیدیاز مهبلی – فرجی مصرف می شود . کتوکونازول در درمان پتی ریازیس ورسیکالر، کچلی بدن ، کرومومیکوزیس و کوکسیدیواید ومیکوزیس شدید به عنوان انتخاب دوم، کچلی اندام های تحتانی و پای مقاوم به گریزئوفولوین ، لیشمانیوز جلدی عفونت های قارچی ناخن اطراف آن و پنومونی قارچی، سپتی سمی قارچی و اسپورتریکوزیس منتشر مصرف می شود .