بنزوئيل پراكسيد براي درمان موضعي آكنه و لگاريس خفيف تا متوسط و همچنين عفونتهاي قارچي پوست به ويژه تينهآپديس به كار ميرود. در آكنه شديد اين دارو را ميتوان به عنوان درمان كمكي همراه با آنتيبيوتيكهاي خوراكي و موضعي، فرآوردههاي اسيد رتينوئيك و فرآوردههاي حاوي گوگرد اسيدساليسيليك به كار برد.