این دارو در درمان برونشیت مزمن، عفونت های ناشی از بروسلا، کلامیدیا، میکوپلاسما و ریکتزیا و نیز در درمان آکنه ولگاریس و افوزیون پلورال ناشی از سیروز یا بیماری های بدخیم مصرف می شود. داکسی سیکلین در درمان سیفلیس، التهاب عفونی لگن، التهاب مزمن پروستات و سینوس نیز به کار می رود.