وانکومایسین در موارد محدودی از جمله در پیشگیری و درمان آندوکاردیت و سایر عفونت های جدی ناشی از کوکسی های گرم مثبت ( مانند استافیلوکوک مقاوم به پنی سیلین ها ) مصرف می شود. وانکومایسین از راه خوراکی در درمان عفونت های سیستمیک موثر نیست، اما به طور خوراکی در درمان کولیت پسودوممبران ناشی از آنتی بیوتیک ها مصرف می شود .
