کینین در درمان مالاریای ناشی از پلاسمودیوم فالسیپارم مقاوم به کلروکین یا در صورتی که ارگانیسم عامل، نا مشخص باشد یا انکه گونه های مختلف پلاسمودیوم در بروز بیماری دخالت داشته باشند، مصرف می شوند. این دارو همچنین در پیشگیری یا درمان گرفتگی شبانه عضلات پا ( ناشی از ارتریت ، دیابت، واریس، ترومبوفلیت و آترواسکلروز ) مصرف می شود.