سیکلوفسفامید در درمان لوسمی لنفوبلاستیک حاد ، لوسمی منوسیتیک حاد، میلوژنوس حاد ، لوسمی گرانولوسیتیک مزمن ، آدنوکارسینومای تخمدان، سرطان پستان، سرطان ریه، سرطان آندومتر، میلوملتیپل، انواع لنفوما و در تومور ویلمز به کار می رود و به عنوان داروی کمکی جهت کاهش فعالیت سیستم ایمنی بدن برای جلوگیری از پس زدن پیوند، سندرم نفورتیک، آرتریت روماتوئید و لوپوس اریتماتوز به کار می رود.
